Episode n° 1
Sortie : 2007-09-17
Nom : Survivre
À Sona, Michael se met à dos le criminel qui fait la loi dans la prison. À l'extérieur, Lincoln recherche Sara, avec des conséquences catastrophiques.
Episode n° 2
Sortie : 2007-09-24
Nom : L'Eau et le Feu
Michael essaie d'assurer la sécurité du prisonnier James Whistler dont sa liberté dépend. Quant à Lincoln, il enquête sur Sofia.
Episode n° 3
Sortie : 2007-10-01
Nom : Le Chat et la Souris
Après une série de contretemps, Michael finit par découvrir Whistler qui lui apprend la vérité. De son côté, Lincoln s'efforce de sauver Sara et L.J.
Episode n° 4
Sortie : 2007-10-08
Nom : Chacun pour soi
À Sona, Mahone est sujet à des hallucinations, T-Bag monte en grade dans la prison, et Michael conçoit un nouveau plan d'évasion.
Episode n° 5
Sortie : 2007-10-22
Nom : Interférence
Alors que Michael est à deux doigts de l'évasion, un nouveau détenu, qui semble connaître le passé de Whistler, fait son entrée en prison.
Episode n° 6
Sortie : 2007-11-05
Nom : Le Dernier Combat
La tentative d'évasion est compromise lorsque Whistler est accusé de meurtre. Mahone se voit offrir un marché intéressant, et Lincoln et Sofia doivent droguer un gardien.
Episode n° 7
Sortie : 2007-11-05
Nom : OEil pour oeil
Une valse des allégeances s'engage à l'occasion du combat à mort entre Michael et Whistler, et le pouvoir de Lechero est sérieusement mis à mal.
Episode n° 8
Sortie : 2007-11-12
Nom : Plus dure sera la chute
Susan, dans un dernier effort désespéré pour sortir Whistler de Sona, met tout le monde en danger.
Episode n° 9
Sortie : 2008-01-14
Nom : Contre-pouvoir
À Sona, un nouveau maton place Michael à l'isolement, avant de lui redonner espoir. Par la suite, Mahone et T-Bag se joignent aux détenus candidats à l'évasion.
Episode n° 10
Sortie : 2008-01-21
Nom : Régner et mourir
Michael, Mahone, Whistler et Lechero essaient de s'enfuir par le tunnel, tandis que Sofia découvre un portefeuille caché dans le sac de Whistler.
Episode n° 11
Sortie : 2008-02-04
Nom : 30 secondes
Alors que Michael met le point final à son plan d'évasion, ses acolytes se retournent contre lui. De son côté, Whistler envisage la trahison quand Sofia est menacée.
Episode n° 12
Sortie : 2008-02-11
Nom : Contre vents et marées
Michael, Whistler, Mahone et McGrady échappent enfin à l'enfer de Sona, mais leur plan est compromis et l'échange tourne court.
Episode n° 13
Sortie : 2008-02-18
Nom : Vengeance
Parmi les rebondissements du dernier épisode de la troisième saison, L.J. et Whistler sont échangés, et les machinations de T-Bag finissent par porter leurs fruits.